Inicialmente, as diligências estavam previstas para a mesma semana das comemorações militares do 7 de Setembro. No entanto, os investigadores optaram por adiar a operação para não se sobrepor à data, que é importante para as Forças Armadas, a fim de evitar acusações de perseguição aos militares envolvidos. O general Walter Braga Netto, alvo da investigação, teve seu sigilo telemático quebrado e a PF encontrou pagamentos de uma empresa investigada para um coronel da reserva subordinado a ele por mais de dois anos.
É importante ressaltar que a atuação da PF tem gerado mal-estar entre a cúpula das Forças Armadas. Generais de alta patente reclamam que as operações da polícia têm ocorrido em momentos de celebração do Exército, minando notícias positivas sobre os militares. Um exemplo citado é o encontro do ex-presidente Lula com o Alto Comando da Força, que ocorreu no mesmo dia da operação que prendeu um tenente-coronel. Também foi destacado o fato de o pai desse tenente-coronel, o general Lourena Cid, ter sido alvo de buscas enquanto o presidente anunciava investimentos nas Forças Armadas.
A reclamação chegou ao conhecimento do ministro Alexandre de Moraes, do STF, e do diretor da PF, André Rodrigues, que tiveram conversas com o ministro da Defesa, José Múcio Monteiro, buscando uma reaproximação entre a corporação e as Forças Armadas. Desde então, o clima melhorou e a relação entre as instituições tem se fortalecido. Exemplo disso foi a presença do ministro Múcio e do comandante do Exército, general Tomás Paiva, em uma cerimônia de formatura de servidores da Polícia Federal, que contou também com a presença de Lula. Na ocasião, o ministro da Justiça, Flávio Dino, destacou que a PF e as Forças Armadas são “instituições coirmãs a serviço do Brasil”, buscando reconciliação e superação dos atritos passados.
A operação Perfídia, que investiga fraudes na compra de coletes balísticos da intervenção federal no Rio de Janeiro, começou com a cooperação internacional da Agência de Investigações de Segurança Interna dos Estados Unidos. Indícios de fraude foram encontrados na compra desses coletes, que foram realizadas no final de 2018 com sobrepreço. A empresa contratada foi a CTU Security LLC, cujo proprietário, Antonio Intriago, foi preso nos Estados Unidos por suspeita de envolvimento no homicídio do presidente do Haiti. Em nota, o ex-interventor Braga Netto afirmou que os contratos seguiram todas as leis brasileiras e que não houve repasse de recursos à empresa investigada, tendo sido cancelado o empenho e os valores devolvidos aos cofres públicos.
