O relatório aponta que a polícia não solicitou perícia em seis boletins de ocorrência, enquanto em três casos a Polícia Civil optou por dispensar a perícia, e em um deles a justificativa foi o tempo chuvoso. Em outro boletim de ocorrência, a última página estava faltando, impossibilitando a verificação da solicitação ou não da perícia. Além disso, a escuta das testemunhas foi feita em grupos em pelo menos 12 dos 26 casos analisados, o que dificulta a checagem das informações prestadas.
A HRW também destacou que em sete casos os corpos chegaram ao médico legista sem roupas para a realização do laudo necroscópico, o que vai contra a recomendação de peritos forenses internacionais. A organização convocou integrantes do Grupo Independente de Especialistas Forenses do Conselho Internacional de Reabilitação para Vítimas de Tortura para examinar a qualidade de informações que 15 laudos necroscópicos preliminares continham. Os especialistas concluíram que os exames post mortem dos quinze indivíduos são ineficazes e não atendem aos padrões mínimos aceitáveis na investigação de mortes por armas de fogo no contexto da ação policial.
Em resposta à Agência Brasil, a Secretaria de Segurança Pública enfatizou que a Operação Escudo “é um protocolo da Polícia Militar que é acionado sempre que um agente de segurança do Estado sofre um ataque, para restabelecer a ordem e restaurar a sensação de segurança da população” e que não houve ilegalidades no curso da operação.
A Secretaria também destacou que a operação foi realizada em observância à legislação vigente, prendendo 976 criminosos, dos quais 388 eram procurados pela Justiça, além de apreender 119 armas ilegais e quase uma tonelada de entorpecentes. Os laudos oficiais das mortes, elaborados pelo Instituto Médico Legal (IML), foram executados com rigor técnico, isenção e nos termos da Lei, sem indicar sinais de tortura ou qualquer incompatibilidade com os episódios relatados.
A pasta ressaltou que desvios de conduta não são tolerados e são rigorosamente apurados mediante procedimento próprio, e que denúncias podem ser formalizadas em qualquer unidade da Polícia Militar, inclusive pela Corregedoria da Instituição.