De acordo com Toffoli, a medida se faz necessária para investigar a possível apropriação indevida de recursos públicos por parte da Transparência Internacional e seus responsáveis, sejam pessoas públicas ou privadas. O ministro também citou a decisão do ministro Humberto Martins, do Superior Tribunal de Justiça (STJ), que considerou a remessa do processo instaurado no STJ para apurar a atuação da ONG como “adequada e prudente”.
A ONG Transparência Internacional tem sido objeto de controvérsias desde 2014, quando teria começado a atuar em parceria com o Ministério Público Federal (MPF) em ações de combate à corrupção. Segundo o parlamentar Rui Falcão, o MPF teria concedido ilegalmente à ONG poderes de gestão e execução sobre recursos públicos sem a devida submissão aos órgãos de fiscalização e controle do Estado brasileiro.
Além disso, o ministro Toffoli mencionou a suspensão de um acordo firmado pela força-tarefa da Operação Lava Jato com o governo dos Estados Unidos, que previa a destinação de parte das multas pagas pela Petrobras à Transparência Internacional. Toffoli considerou “duvidosa a legalidade” dessa previsão, uma vez que a destinação de recursos públicos precisa seguir os princípios da unidade e universalidade orçamentárias.
Recentemente, Toffoli também suspendeu o pagamento de multas que a empreiteira Novonor e a J&F se comprometeram a pagar ao assinar acordos de leniência com o Ministério Público Federal. A decisão foi motivada pelo acesso integral aos documentos da Operação Spoofing, que investiga a troca de mensagens que envolvem supostos procedimentos investigatórios irregulares no âmbito da Lava Jato.
A Agência Brasil entrou em contato com a Transparência Internacional por e-mail para obter um posicionamento, mas até o momento não obteve resposta. A ONG tem negado receber recursos indevidamente e afirmou ser alvo de acusações infundadas e assédio judicial em ocasiões anteriores. A atuação e gestão de recursos públicos por parte de organizações não governamentais continuam a ser objeto de investigação e polêmica no Brasil.