O ATS é um aumento salarial que corresponde a 5% a cada cinco anos de serviço prestado pelos magistrados que ingressaram na carreira até 2006. O benefício é estimado em R$ 870 milhões e afeta significativamente a remuneração desses profissionais.
A decisão de Toffoli foi embasada no entendimento de que o TCU não possui competência para interferir na autonomia do Poder Judiciário. Segundo o ministro, a decisão do tribunal de contas constituía uma ingerência na atribuição constitucional do Conselho Nacional de Justiça de fiscalizar as ações do Poder Judiciário.
A suspensão do pagamento do benefício havia sido determinada pelo TCU a pedido da Associação dos Juízes Federais (Ajufe). O tribunal de contas alegou que a reintrodução do ATS, também conhecida como quinquênios, não estava prevista em lei, uma vez que o benefício foi extinto em 2006.
A decisão de Toffoli, no entanto, representa um revés para o entendimento do TCU e uma vitória para a categoria dos magistrados federais. A liminar concedida pelo ministro do STF restabelece o pagamento do ATS, permitindo que os juízes recebam o benefício e os possíveis retroativos referentes a ele.
Com essa decisão, Toffoli coloca fim a um impasse que envolvia a remuneração dos magistrados federais e reforça a independência do Poder Judiciário em relação a interferências de órgãos de controle como o TCU.